Zeytinyağının saklanmasında en önemli faktörler; hava (oksijen), ışık, koku, sıcaklık ve zamandır.
Zeytinyağı aslında zeytin meyvesinin suyudur. Nasıl ki taze sıkılmış meyve suyunun lezzeti ve nefaseti bekleyince kaybolmaya başlar, bu durum zeytinyağında da böyledir. Zeytinyağı tam bozulmasa bile, bekledikçe lezzetini ve nefasetini kaybedecektir.
Hava içerisinde bulunan oksijen, temas ettiği bütün organik ürünleri okside ettiği gibi, zeytinyağını da okside eder. Okside olmuş zeytinyağında peroksit oranı yükselir. Oksidasyon, ışık ve ısı ile birleştiğinde bu kimyasal reaksiyonlar artar ve zeytinyağı lezzetini kaybetmeye başlar. Bunun sonucu olarak, zeytinyağı içerisinde bulunan faydalı mineral ve polifenoller kaybolur ve zeytinyağının asit oranı artar.
Zeytinyağı nem olmayan ve bulunduğu kabın ağzı hava almayacak şekilde sıkıca kapalı olarak, tercihen renkli cam şişede, teneke kutuda veya seramik kaplarda saklanmalıdır. Plastik ve renksiz (şeffaf) cam şişelerde saklanmamalıdır.
Zeytinyağı güneş ışığına maruz kaldığında içerisinde bulunan klorofil okside olarak yağın tadını olumsuz yönde etkiler.
Zeytinyağının saklanacağı ideal ortam sıcaklığı 18-25 °C olmalıdır.
Zeytinyağı bulunduğu ortamın kokusunu hızlı bir şekilde çektiği için, yabancı kokuların ve rutubetin olmadığı ortamda saklanmalıdır.
Zeytinyağı buzdolabına konulmamalıdır, çünkü 8 °C sıcaklığın altına düşünce katılaşmaya başlar. Buzdolabına konulan zeytinyağı soğuktan dolayı katılaşınca rengi dumanlı bir hal alır. Oda sıcaklığına çıkartılan zeytinyağı bir müddet sonra sıvılaşınca, kapak ağzı civarında buğu ve dolayısıyla su damlacıkları oluşur ve bu su damlacığı yağın üzerine damlayabilir. Bu nedenle zeytinyağının buzdolabında saklanması tavsiye edilmez.
Zeytinyağı çok uzun zaman boyunca tazeliğini ve nefasetini koruyan bir ürün değildir. Ağzı açıldıktan sonra en fazla 2 ay içinde tüketilmesi tavsiye edilmektedir.
Tercihen, tüketim miktarınıza göre ve açıldıktan sonra erken tüketilmesi açısından, 250 ml ve 500 ml şişelerde muhafaza edilmelidir.